ჰეპარინი გამოიყენება თრომბოემბოლიური მდგომარეობების პროფილაქტიკისა და მკურნალობისთვის, მათ შორის ღრმა ვენების თრომბოზი (DVT), ფილტვის ემბოლია (PE) და მწვავე კორონარული სინდრომები. ჰოსპიტალურ და ინტენსიურ გარემოში მისი მთავარი უპირატესობაა მყისიერი ანტიკოაგულანტური ეფექტი და ზუსტი დოზირების რეგულირების შესაძლებლობა, რაც მნიშვნელოვანია არასტაბილურ პაციენტებში. მოკლე ნახევარგამოყოფის პერიოდი იძლევა თერაპიის სწრაფად შეწყვეტის ან ცვლილების საშუალებას, რაც კრიტიკულია ქირურგიულ და რეანიმაციულ პრაქტიკაში. ფართოდ გამოიყენება ჰემოდიალიზისა და კარდიოქირურგიული პროცედურების დროს. მისი სანდოობა და კონტროლირებადობა მას აქცევს ერთ-ერთ მთავარ ანტიკოაგულანტად.